Jean de la Croix naquit en 1542 dans le petit village de Fonciers, proche d'Avila, en Vieille Castille, de Gonzalo de Yepes et Catalina Álvarez.

Jouant un jour au bord d'un étang, il glissa au fond de l'eau ; une grande et belle dame vint lui offrir la main pour le sauver : 

« Non, dit l'enfant, vous êtes trop belle, ma main salirait la vôtre. »

Alors un vieillard se présenta, marchant aussi dans l'eau, tendit son bâton à l'enfant et le ramena sur le bord.

Une autre fois il tomba dans un puits ; on croyait l'y retrouver mort ; il était assis paisiblement : 

« Une belle dame, dit-il, m'a reçu dans son manteau et m'a gardé. »

Ainsi Jean croissait sous le regard de Marie.

Un jour qu'il priait Notre-Seigneur de lui faire connaître sa vocation, une voix intérieure lui dit :

« Tu entreras dans un ordre religieux, dont tu relèveras la ferveur primitive. »

Il avait vingt et un ans quand il entra au Carmel, et dépassa de beaucoup tous ses frères, tout en cachant ses œuvres extraordinaires.

Il habitait un réduit obscur, mais dont la fenêtre donnait dans la chapelle, en face du Très Saint-Sacrement.

Il portait autour du corps une chaîne de fer hérissée de pointes, et par-dessus cette chaîne un vêtement étroit et serré, composé de joncs enlacés par de gros nœuds.

Le sacerdoce ne fit que redoubler son désir de la perfection. Il songeait à s'ensevelir à la Chartreuse, quand Thérèse d’Avila, éclairée de Dieu sur son mérite, lui confia ses projets de réforme du Carmel et l'engagea à se faire son auxiliaire.

Jean se retira dans une maison étroite, pauvre, et commença seul un nouveau genre de vie, conforme aux règles primitives de l'Ordre du Carmel. Peu de jours après, il avait deux compagnons : la réforme était fondée.

Ce ne fut pas sans tempêtes qu'elle se développa, car l'enfer sembla s'acharner contre elle, et tandis que le peuple vénérait Jean comme un saint, il eut à souffrir, de la part de ceux qui auraient dû le seconder, d'incroyables persécutions, des injures, des calomnies, allant même jusqu'à la prison.

Pour le consoler, Marie lui apparut et lui annonça sa délivrance prochaine ; en effet, quelques jours après, il se trouva, sans savoir comment, au milieu de la ville de Tolède.

Dieu le récompensa de ses épreuves par des extases fréquentes ; Thérèse d’Avila l'appelait « un homme tout divin ».

Il écrivit des ouvrages spirituels d'une très grande élévation.

Au moment de sa mort, la nuit entre le 13 et le 14 décembre 1591, à Úbeda, en Espagne, un globe de feu brillant comme un soleil entoura son corps.

Jean de la Croix a été béatifié en 1675 par le Pape Clément X ; canonisé par le pape Benoît XIII le 27 décembre 1726 ; déclaré docteur de l'Église par le pape Pie XI, le 24 août 1926.