Pedro Garavito naît en 1499 à Alcantara, petite ville de la province espagnole d'Estramadure, où son père était gouverneur.

A quatorze ans, il perdit son père, sa mère se remaria et il partit étudier les arts libéraux, la philosophie et le droit canon à l'université de Salamanque où il décida d'entrer chez les Frères Mineurs dont il reçut l'habit, en 1515, au couvent de Los Majaretes.

En 1519 il est choisi comme gardien du couvent de Badajoz ; ordonné prêtre en 1524, il commença une si brillante carrière de prédicateur qu'on l'appelât à la cour du Portugal. Élu provincial de son Ordre (province Saint-Gabriel) en 1538, il instaure un régime très austère et, son mandat terminé, il se retire dans un désert, à l'embouchure du Tage, où il fonde un couvent d'ermites (1542).

Rappelé dans sa province (1544), il y fonde, près de Lisbonne, un couvent qui sera le germe d'une province nouvelle (1550). Lors d'un voyage à Rome, il reçoit l'approbation du pape Jules III (Giovanni Maria Ciocchi Dal Monte, 1550-1555) pour expérimenter une réforme radicale, sous la juridiction des mineurs observants dont le commissaire général le nomme commissaire général des mineurs réformés d'Espagne (1556). En 1559 le pape Paul IV (Giovanni Pietro Carafa, 1555-1559) lui donne tous pouvoirs pour ériger de nouveaux couvents.

Pierre d'Alcantara mourut au couvent d'Arenas (province d'Avila) le 18 octobre 1562. « Mes fils, dit-il, ne pleurez pas. Le temps est venu pour le Seigneur d'avoir pitié de moi. Il ne vous oubliera point. Pour moi, je ne suis plus nécessaire » ; au frère qui voulait remonter sa couverture, il dit : « Laisse-moi, mon fils, il y a encore du danger. Si les cèdres du Liban tremblent, que fera le roseau ? » Il se mit à genoux pour recevoir le viatique ; le lendemain, à quatre heures du matin, il reçut l'extrême-onction, embrassa et bénit tous ses frères, puis, immobile, se recueillit longuement. « Ne voyez-vous point, mes frères, la Très Sainte Trinité, avec la sainte Vierge et le glorieux évangéliste ? » Il expira doucement en murmurant des psaumes. Il fut inhumé près de l'autel de l'église des franciscains d'Arénas.

Pierre d'Alcantara, calme et prudent, pauvre et généreux, obéissant et humble, pénitent et accueillant, disponible et magnanime fut un des grands orateurs sacrés du Siècle d'Or espagnol.

Grégoire XV (Alessandro Ludovisi, 1621-1623), qui l'appelait docteur et maître éclairé en théologie mystique, béatifia Pierre d'Alcantara par la bulle In sede Principis Apostolorum (18 avril 1622) ; le décret de canonisation fut rendu, le 28 avril 1669,  sous Clément IX (Giulio Rospigliosi, 1667-1669) et Clément X (Emilio Altieri, 1670-1676) donna la bulle de canonisation le 11 mai 1670 (Romanorum gesta pontificum)